上古世界第三纪元初期，也就是距今四十二亿年前的地球，此刻的地球百分之九十九点九九的土地都被海水所覆盖着，只有不周之山脚下擂台之上的一块被能量包裹的地区还未受到海水的淹没。
擂台之上，各种奇珍异兽在打坐修行，玉皇在一旁冥想融汇贯通女娲娘娘向他传授的各种经验。女娲娘娘则手里拿着一块透明黏土，冲着冥想的玉皇会心一笑后便开始玩弄起了手中的黏土。
只见女娲娘娘将手中的黏土反复揉捏，先捏制出了大体的形状，头、脖子、身体、四肢等基础形状，然后开始向着黏土的身体内部构造而去。只见女娲娘娘动用自身磁力能量，思绪中想象着当初为玉皇构造身体系统的过程，开始了制造的过程。
首先从头部开始，因为这些黏土能量团中原本的灵智及灵魂已经彻底溟灭，无法像那些化形的奇珍异兽以及玉皇那般直接由灵魂之力控制整个身体的运转，所以必须为这一全新的生命物种铸造一个可以掌控身体的器官，但到底该如何铸造这个器官呢。
女娲娘娘没有了思绪，只能将目光继续转向玉皇，只见女娲娘娘双目中莲花运转，一股神奇的透明不可见光芒从女娲娘娘的眼神中发射而出，照射到了玉皇的身体之上，玉皇身体内部的情况立马显现了出来。
只见玉皇的头颅内部，由四个区块所构成的脑组织占据了整个头颅百分之九十的空间，这四个区块分别是大脑、小脑、间脑以及脑干，而玉皇的灵魂就分布在这四块区域之中，犹如一道白色的亮光，在整个脑组织区域内不停的闪烁，控制着脑部的一切。
由于玉皇此时处于冥想的状态，脑部内的能量流动非常迅猛，各种磁场、生物电能、属性能量及灵魂能量在整个脑海中交相呼应，有条不紊的运转着，其中能量翻滚最为活跃的区域就是位于头颅最上方的大脑，只见大脑由左、右两个大脑半球组成，两半球间有横行的乳白色神经纤维相联系。每个大脑半球包括：大脑皮层（大脑皮质）：是表面的一层灰质（神经细胞的细胞体集中部分）。
整个大脑表面有很多往下凹的沟（裂），沟（裂）之间有隆起的回，因而大大增加了大脑皮层的面积，而大脑皮层上方，玉皇的灵魂在其间来回震动及跳动，每次震动及跳动都会带动大脑皮层上的各种能量开始疯狂的涌动，从而能量顺着连接身体的整个神经脉络、骨骼、血液等流转向了身体各处。
带动身体各处的能量转动运行，最终从身体的720个穴位喷射而出，同时身体的720个穴位也将外部的各种能量吸收进入体内，再由体内的各种器官组织分解吸收同化为符合灵魂震动频率的能量，被灵魂及大脑所掌控。
见到此等场景，女娲娘娘不再迟疑及继续研究，随即模仿着玉皇脑海中的组织构造，为手里的黏土躯体捏制了大脑、小脑、间脑以及脑干，顺着大脑的分布及运行开始捏制神经脉络及骨骼，骨骼的捏制就比较简单了，因为女娲娘娘亲手将玉皇头顶的两只大角融入玉皇体内为他构造了身体的骨骼系统，所以现在捏制骨骼可谓轻车熟路。
只见女娲娘娘取出一团柔软的黏土，动用天火之力慢慢烤制这团黏土，黏土在天火的燃烧下逐渐碳化，变得黝黑，并散发出了一股气味，见状女娲娘娘连忙收起了天火，并用水属性能量清洗掉了黏土表面的碳黑化物质，将其收集了起来，而除掉了黑化物质之后的黏土呈现出一种乳白色的硬质钙化组织。
这种钙化物质是如何形成的呢？原来是女娲在烧制黏土的过程中，上古世界空气中的碳元素，氧元素，钙元素、氢元素、磷元素和其他微量元素在热能的作用下融入到了这团黏土之中，使之钙化，形成了羟基磷酸钙，从而呈现出了硬质的钙化骨骼组织。见此情况，女娲连忙将这块乳白色的骨骼组织按照玉皇体内的骨骼形状进行分解重组，分成了三大种类，分别是颅骨、躯干骨、四肢骨，共计二百零六块。
其中颅骨由八块脑颅骨、十五块面颅骨和六块听小骨构成，共计二十九块，脑颅骨围成的颅腔保护着大脑及大脑中的灵魂，这些骨骼都是固定的，且不能移动，仅有下颌骨能活动。其余的骨都连结得很紧密，不能活动，这样有利于保护大脑、眼睛等器官，此外两侧中耳内各有三块听小骨。
躯干骨包括脊柱、肋骨和胸骨，共计五十一块。此刻的玉皇为成年人，所以女娲娘娘在铸造脊柱的时候是由二十六块椎骨构成，椎骨上有椎孔，全部椎骨的椎孔连在一起构成椎管，里面有灵魂能量所形成的脊髓。椎骨自上而下有七块颈椎，十二块胸椎，五块腰椎，五块骶椎合成的一块骶骨和四块尾椎合成的一块尾骨。
四肢骨包括上肢骨和下肢骨各一对，共计一百二十六块，一侧的上肢骨由一块肩胛骨，一块锁骨，一块上臂骨(肱骨)，前臂骨(桡骨、尺骨)二块和手骨(腕骨八块、掌骨五块和指骨十四块)二十七块组成，两侧上肢骨共六十四块。一侧的上肢骨由一块髋骨，一块大腿骨(股骨)，一块膝盖骨(髌骨)，小腿骨(胫骨、腓骨)二块和足骨(跗骨七块，跖骨五块和趾骨十四块)二十六块，共三十一块组成，两侧下肢骨共六十二块。髋骨、骶骨和尾骨共同围成骨盆。足部的跗骨，髋骨和足底的韧带，肌健共同构成了凸向上方的足弓。
光是分解重组这些骨骼女娲娘娘就整整忙了七七四十九天才全部铸造完成。
满头香汗的女娲娘娘顾不上擦拭额头上的汗水，连忙将这好不容易组成的骨骼镶嵌到了黏土躯体之中。之后女娲娘娘站起身来抖了抖身上的各种能量碎屑，一脸满足的看着眼前的作品，越看越喜欢，越看兴趣越大，虽然身体骨骼、神经脉络等都有了，但是五脏六腑还没有捏制，想到此处的女娲娘娘又连忙忙碌了起来。