上古世界第二纪元，也就是距今44亿年前，在女娲娘娘千辛万苦之下，侵蚀上古世界长达一个纪元之久的上古宇宙空间虫洞，终于被女娲娘娘所修复了。
此时的上古世界，发生了翻天覆地的变化，原本的擎天支柱在水族共工的自爆下消失了，原本高高漂浮于虚空之上的皇天天体能量群，在十颗太阳的照射下，在玉皇从冰封中解冻之后，被厚土天体能量群的磁力排斥之下，瞬间向着虚空上方飞去，一眨眼的功夫彻底消失不见了，无人知道皇天天体能量群飘散到了何处。
整个上古世界，只剩下了厚土天体能量群，在孤独的太阳系星云群中飘荡着，唯一值得庆幸的是，还有太极能量团爆炸后剩余的十颗恒星，十颗恒星进化成十颗炙热的太阳围绕厚土天体能量群所转动着，散发着炽热的能量，帮助整个厚土天体能量群从冰封的状态中解救出来。
随着十颗太阳的不断照射，覆盖在厚土天体能量群之上厚厚的冰川被不断的融化，化为一股股巨浪在厚土天体能量群的内部拍打着，冲击着。冲刷着厚土天体能量群内的一切，渐渐有了即将无法控制的趋势。
在这样巨量海水的侵蚀与拍击之下，厚土天体能量群表面巨大的裂缝更加开始了进一步扩大，再加上由于刚刚解冻，厚土天体能量群内部的磁场能量还没有恢复，内部的结构极不稳定，况且还受到了宇宙绝对冷冻之气的冰冻侵蚀，内部结构变的非常轻脆，很容易就会碎裂开来。
而随着厚土天体能量群上覆盖的冰川进一步融化之后，无数的冰川融水在十颗太阳的照射之下，开始翻腾，形成了波涛汹涌的巨浪海啸，一波未平一波又起的海啸向着厚土天体能量群冲击着，在不断的能量及海水的侵蚀冲击下，整个厚土天体能量群开始分崩瓦解，伴随着一声声如同冰川消融断裂的的巨响声，整个厚土天体能量群碎裂开来，形成了一个个独立的天体碎片。
这些天体碎片在整个上古世界的虚空中不断翻滚，相互碰撞，爆发出了巨大的能量波动。
而这时的女娲娘娘以及我们被解冻出来的玉皇呢，他们能眼看着整个厚土天体能量群的碎裂吗？答案当然是否定的。但是就算有心也是无力，厚土天体能量群的碎裂是不可阻挡的，这就是所谓的天命难违，岂是渺小的人类所能干预的。当然了，并不是女娲娘娘和玉皇不想干预，因为此时的他们被另外一件重要的事情所笼罩着。
在女娲娘娘炼石补天之后，不周之山脚下的擂台也从冰封中被解救了出来，但是随着爆炸，五行一族的自我封印，整个厚土天体能量群的星系中几乎没有任何存活的生灵，而躺在擂台四周失去灵魂支持化为本源之石的各族圣主圣灵们，除了灵智在若隐若现的闪动外，再没有一丝生灵之气。
玉皇望着这一地散发微光的本源之石，脑海中回想起了曾经的时光，盘古一族离开之后，各族开始了欣欣向荣的发展，最初的大家欢聚一堂，在皇天及厚土天体能量群的磁力能量滋润下，修炼化形，和睦共处，互帮互助，共同发展创新，整个世界其乐融融的画面，令人神往，当时的大家是多么的简单，每天就是修炼，玩耍，探险，寻宝。
可是随着大家的不断修炼，能力的不断提升，各自所拥有的能量越来越巨大，这种美好的生活却渐渐消失了。能量强大的族群开始欺负弱小的族群，命令弱小的族群帮他们劳动，扩大自己的势力范围。各种利益的驱动之下，大家变得傲慢、妒忌、暴怒、懒惰、贪婪、贪食及色欲横流，在各种负面情绪的驱使下，大家开始了抢地盘，争夺奇珍异宝，霸占其他族群的祖地，吞噬他人的能量，来加快修炼的进程。
曾经的兄弟姐妹不再相亲相爱，而是互相算计，互相猜忌，互相伤害。当曾经一起辉煌的朋友们遭遇了磨难，在寻找天材地宝中被困住之后，非但没有生出援手，反而落井下石，趁火打劫，威逼利诱，只为了能获得对于自身最大的利益，全然不顾往日的旧情，这样的变化是在太可怕了。
想到此处的玉皇，泪水不断的在眼眶中打转。那会的玉皇，被困在擎天支柱的柱心之中，看着大家能够在上古世界中自由的活动交流，已经是感同身受，幸福万分了。他视为最宝贵的东西，就每天发生在他的眼前，那些情感是多么的美好，那些相互之间谦逊、宽容、温和、热心、慷慨、节制、贞洁的情感表露，是这个世界上最美好最珍贵的珍宝。
而那些所谓的奇珍异宝，奢靡享受、物质财富，权力地位，生不带来，死不带去，又有什么价值呢，值得为了这些浮夸的东西拼个你死我活吗？人啊，总是容易丢掉自身最宝贵的东西去拼命获取那些看上去价值不菲，但实际对你的人生没有太多意义的东西。
只见玉皇无奈的摇了摇头，又看了看满地散落的各种本源之石，曾经的它们都是一方大鳄，掌握着无数的权利与地位，生活过得极度奢靡享受，可是现在呢，谁还记得它们，谁还会在意它们，现在的它们只不过是一颗颗碎落在地上的石头，没有一点价值。
各种情绪复杂变化之下的玉皇开始接受这个残酷的事实，认为被玷污和黑化的世界确实应该进行重新洗牌，这样大规模的毁灭也许是天意，这片时空已经看不下去这样一个污浊世界的存在，所以降下此等灾难，毁灭了一切。想到此处的玉皇顺脚踢了一下面前的本源之石，也不管它曾今是谁，建立了一方如何的势力，现在的玉皇只是感到它有些挡住了自己前进的脚步，踢开之后，玉皇移步来到了女娲娘娘面前，看着女娲娘娘正手捧一颗红色的本源之石，在仔细的研究着。
靠上前去，仔细端详之下，玉皇认出了这颗本源之石。这块红色的本源之石原本是不周山脚下的朱雀一族。朱雀一族是一个非常和善的族群，它们从不欺凌弱小，侵占他人的地盘，反而还经常帮助那些受到欺凌的弱小族群，医治它们的伤势，帮助它们重建家园，受到各族圣灵的拥护和爱戴。各族经常向朱雀一族供奉各种奇珍异宝来感谢朱雀一族，朱雀一族却从来不收，反而将自己族群内部盛产的能量火晶，梧桐树枝送给弱小族群来壮大它们的家族，使之不再因为弱小而遭受欺凌。
因为它们始终如一的态度，让玉皇记忆深刻，所以一眼就认出了它们。好奇之下的玉皇向女娲询问，想探究女娲为何看的如此入神。女娲回过头来看着玉皇，笑着说道：你想不想让这颗本源之石活过来呢？
玉皇的脸上顿时露出了惊喜的笑容，并疯狂的点头，此时的玉皇已经激动的说不出话来。
只听女娲娘娘笑着对玉皇解释起来。
原来是女娲娘娘看着眼前这散落各处的本源之石，想起了最初飞落天涯海角的玉皇，当初的玉皇不就是一块闪闪发光的宝石吗。只是在能量的注入，以及女娲娘娘一番神奇的操作之下，玉皇才化形成为完整的人体的。现在这些本源之石虽然灵魂已经消失，但是灵智依然存在，内部的能量也非常充裕，完全可以按照当初铸造玉皇身体的方式重新凝练这些本源之石，使之再度进化成型。
说干就干，女娲娘娘在玉皇满脸惊讶的注视下，掏出了女娲石，召唤出了天火，将之控制下一定的温度之下，将这块红色的本源之石放入了天火之中，开始锻造，随着天火的不断烧制，红色的本源之石开始慢慢软化，内部的能量开始涌动，处于核心地带的灵智也开始主动吸收周围涌动的能量，灵智正在飞快的进化为灵魂并开始闪烁着耀眼的光芒，随着一道金光乍现，灵智完全进化为了灵魂，原本化为液体的本源之石也进化为了朱雀的形状，并开始了自主的修炼，修炼之中还在不断的吸收着天火的能量，一股全新的火焰，涅槃之火在朱雀的身边环绕着，朱雀一族即将浴火重生。
看着陷入修炼之中的朱雀一族并没有醒过来，女娲娘娘控制着将其放到破碎的擂台之上，拿起了另外一颗本源之石，又放入了天火之中，开始锻造。看到此情此景的玉皇，那是开始的手舞足蹈了起来，兴奋的心绪一时难以平复。这时的女娲娘娘看不下去了，连忙呵斥起了玉皇，让玉皇将整个擂台周围散落的本源之石都收集起来，方便女娲锻造。
被呵斥之后的玉皇这才平复了情绪，连忙在擂台四周开始搜寻，将无数的本源之石收集了起来。没过一会，五颜六色的本源之石就被玉皇堆放在了女娲娘娘的身旁，就连那断为两截的定海方天画戟以及在大战中丢失的时空水印也被玉皇寻找了回来，放在了一旁。
炼制中的女娲娘娘重复着机械、流水线式的劳动，朱雀之后、青龙、白虎、玄武、黄龙、应龙、螣蛇、勾陈、白泽、夔、麒麟、梼杌、獬豸、犼、重明鸟、毕方、腓腓、诸犍等各族的圣灵圣兽都被重新锻造了出来。但是长时间的重复劳动，让女娲娘娘感到非常的枯燥乏味，并且并不是所有的本源之石都能在锻造之中获得重生。有些本源之石内部的灵智已经溟灭，有些可能是因为生前罪恶多端，被天地所不容，锻造失败了，化为了一团透明的液体，被女娲娘娘放到了一旁。
重复枯燥的劳动让女娲娘娘感到非常难受，随即女娲娘娘回想起了锻造玉皇时的各种趣事，并开始了行动，在接下来的锻造过程中，女娲娘娘加入了自己各种奇怪的想法，不再让本源之石按照之前的形态自我进化，而是加入了自己的方法，例如给虎族加上了翅膀，变成了之后的穷奇，而穷奇也是由于女娲娘娘的恶趣味随意改变，性格大变，变为了后世的上古凶兽，当然被女娲娘娘改变的并非穷奇一个物种，太多的物种被女娲娘娘所改变，后来这些被改变的物种均被记录在了一本神奇的书本之上，这本神奇之书有一个非常好听的名字，叫《山海经》。
就在女娲娘娘锻造本源之石的过程中，玉皇也没有闲置下来。因为此时的厚土天体能量群，由于十个太阳的照射，正在遭遇巨大的洪涝灾害，各种洪水海啸侵蚀着各处，就连高高在上的不周山也即将被洪水所淹没。看到此情此景的玉皇，如何能让洪水打搅到正在疯狂锻造各种生灵的女娲娘娘。连忙动用能量来阻挡洪水与海啸的泛滥。
但是水火无情，况且这是天然之灾，非人力所能阻挡，很快玉皇就要阻挡不住洪水的侵蚀。就在这危急关头，女娲娘娘让玉皇将断为两截的定海方天画戟拿到女娲娘娘的面前，随即女娲娘娘动用天火之力，将断为两截的定海方天画戟融化锻造成了四根擎天支柱，从此，曾今的水族至宝定海方天画戟消失了，随即而来的是四根如擎天之柱般的定海神针。
玉皇将女娲锻造而成的四根定海神针插入到了擂台的四周，定海大阵随即成型，四根定海神针散发出了定海之力，将不周之山周围返工的海水稳定了下来，使之无法侵蚀不周之山。随后，玉皇动用水族的另外一件神器，共工的时空水印，将周围的海水吸收进了时空水印。随着时间的流逝，女娲在疯狂的锻造及创造她的物种，玉皇也在疯狂的吸收着周围的海水。玉皇和女娲也被周围翻滚的能量波动所笼罩，渐渐的能量波动形成了能量结界。玉皇与女娲娘娘也被结界所封印了起来，而二人都在疯狂的忙碌着，根本没有注意到自己被能量罩所封印。
而随着二人被封印，也失去了对外界的感知。虽然不周之山这里已经不再被洪水海啸所侵蚀，厚土天体能量群的其他地带，依然被侵蚀着，并随着能量的翻滚及十颗太阳的照射之下，厚土天体能量群被分解成了一个个独立的天体碎片。