自治区疾控中心返回的第一批检测报告中，还包含了家畜的检测结果。
早期调查组对M村的21只牧羊犬、27只羊、18头牛，采血，进行鼠疫血清学监测，结果：21只牧羊犬中，11只为阳性，阳性率为52.4%，牛和羊均为阴性。
对首例病人丹增宰杀的山羊皮，做反向血凝实验，滴度为1:100，达到阳性标准。
结合现场简易实验的结果，以及自治区疾控中心返回的第一批检测报告，专家组确认，此次M村事件为肺鼠疫爆发，爆发的原因为当地旱獭间疫情严重，而波及人间出现肺鼠疫病人，然后通过人与人的接触传播，引起该地肺鼠疫爆发。
确定为肺鼠疫爆发后，南之乔建议，对M村通往外界的交通，各种途径通往县城的交通、县城通往市的交通路段实施封锁，设立交通简易站。
由于本次疫情为肺鼠疫，疫情发展快，病死率高，又出现病人私自外出情况，根据鼠疫控制预案，为了有效控制疫情扩散，要对疫区进行封锁。
L县县长担任现场疫情调查处理指挥部的指挥长，向市政府呈报，经自治区政府批准，对疫区实施了封锁，当地公安和武警具体执行封锁任务。
严格封锁后的疫区，除进行疫情调查处理的工作人员外，任何行人、车辆、马匹等，不能进入M村，M村任何人、畜、物不能出村。
疫区10公里内的交通要道，设置了交通检疫，对过往的行人、乘客、司机、售票员测量体温，对车辆进行消毒，严格往外运送牛、羊、狗、旱獭等牧区动物。
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在调查组做出封锁检疫的严格安排之后，达娃的丈夫——尼玛，到达L县城，前往L县医院就诊。
县医院的医生询问尼玛的来源地和临床表现，发现是M村不明原因死亡事件的病例之一，于是，立即隔离了尼玛，同时报告L县疾病预防控制中心。
L县疾控中心的人立即赶到县医院，进行流行病学调查，同时采集尼玛的血液和血痰等标本，送自治区疾控中心实验室进行检测。
据尼玛自己交代，当天晚上离开M村后，他先骑马到G乡，然后自己开车赶往L县城，途中有三名熟人陪伴，先后居住在8户牧民家里，自身携带的物品和衣服放在多位农牧民家中。
L县疾控中心的人，根据尼玛的叙述，调查尼玛从M村到L县途中接触过的人群，最后发现，直接接触者有111人。
对这些尼玛的直接接触者，当地卫生部门立即对他们进行9天的医学观察。
有了尼玛的下落，M村的疫情控制也告一段落，南之乔、叶蓁蓁、老赵和多吉，现场调查组的一部分人员，离开M村，来到L县县城。
在查看了L县医院及尼玛的情况后，南之乔建议，由于县医院门诊量大，没有一个相对对立的区域隔离肺鼠疫病人，需要将尼玛转送到离县城最近的乡卫生院，因为那里相对独立，便于隔离。
为了防止转运过程中出现差错，南之乔和蓁蓁亲自跟随。
转移之前，南之乔亲自示范了防护装备使用，以及转移过程中应该注意的事项。
负责转移尼玛的医务人员均做好严密的防护准备，同时，给病人准备了痰盂，用于装病人咳出的痰液，有专职医生监测尼玛的身体状况。
到达乡卫生院后，尼玛被送进隔离病房，有专门的医生对尼玛进行治疗。
对运送尼玛的车，进行彻底消毒，尼玛的痰液，也进行了消毒处理。
尼玛被送来乡卫生院的同时，必要的抢救治疗药品和器械也同步送了过来。
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很快，自治区疾控中心第二批检测报告出来，6例土葬的死亡病例检测结果，全部为鼠疫杆菌阳性，至此，M村肺鼠疫爆发事件，确诊病例14人，死亡病例6例，病死率43%，发现可能病例1例，死亡1例。
根据专家组的确诊意见，L县疾控中心通过大疫情网络报告系统，对这次事件进行了修正报告，聚集性不明原因死亡事件，更改为肺鼠疫爆发事件。
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就在疫情被逐渐控制，再无新发病例出现的时候，身在青藏高原L县县城的叶蓁蓁，突然剧烈头痛，神志不清。
事发突然，当时蓁蓁正在L县疾控中心阅览室里，帮忙整理此次肺鼠疫疫情资料，南之乔也在一旁，蓁蓁突然毫无征兆地剧烈咳嗽起来，紧接着从口鼻涌出大量血色泡沫痰。
叶蓁蓁被紧急送去L县医院。
县医院的医生们，看到蓁蓁的情况，咳痰、咳血，呼吸困难，再加上最近闹得厉害的鼠疫疫情，医生们最先想到的是感染了鼠疫杆菌。
没有经过实验室检查，南之乔却很确定地告诉医生们，“她不是鼠疫杆菌感染，是高原肺水肿，先进行高压吸氧治疗。”
吸氧的同时，南之乔还用氨茶碱加入葡萄糖液中，缓慢静脉滴注。
蓁蓁躺在L县医院的病床上，因为滴注氨茶碱的作用，肺动脉压已经降了下来，咳嗽症状减轻，但依然处在半昏迷状态。
南之乔心里是从未有过的焦急，之前在巴黎的时候，蓁蓁曾因为肠胃受凉和惊吓，引起高烧，进一步引起脑水肿，还好及时治疗，从鬼门关捡回一条小命，现在又因为高原肺水肿引起昏迷，这里的医疗条件，实在让人不放心。
南之乔拨通南爷爷的电话，只说要紧急调用南木集团离L县最近的私人飞机，南爷爷不问原因，直接照办。
半个小时后，一架有南木集团logo的直升飞机降落在L县医院内的空旷草坪上。
随直升机一起来的，还有两名医护人员。
医护人员用担架把蓁蓁抬上直升飞机，南之乔随行，飞机上对蓁蓁的治疗继续。
直升飞机先到了拉萨贡嘎机场，转乘大型的私人飞机，直接飞回北京。
因为是从疫区回来，南之乔直接把蓁蓁送到了JS医院的隔离病房，南之乔虽然心里确定蓁蓁没有感染鼠疫，但还是按照程序，决定把自己和蓁蓁两人在这里隔离观察9天。